又是居留證問題 - 荷蘭

我的問題有點複雜。

我從去年底開始申請居留證延簽，不過因為學校行政疏失等等陰錯陽差的因素，

所以直到現在都還沒有下來。

這中間托台灣免簽的福，我在居留證過期的情況下仍然順利回台灣一趟，

並於今年三月中持台灣護照自法蘭克福入境，在德國停留兩周後回到荷蘭。

過程中雖然德國海關遲疑了一下，但還是讓我順利入境。

不過現在問題是，目前荷蘭居留證還沒拿到，但我又需要再去德國一陣子。

如果我在六月底才返回荷蘭，理論上，以免簽的條件，

我在等待居留證的期間至其它申根國待一個月是可以的。

問題在於，從我的護照上看起來，我從三月中就以免簽資格進入德國了，

若我在六月底離開德國進入荷蘭，不就顯得我在德國待超過免簽許可的三個月?

由於搭火車往返德荷並沒有海關蓋章這件事，

我要如何證明我並沒有在德國待那麼久呢?

在火車上碰到護照檢驗時被拒絕出境/入境呢?

(雖然很少碰到，但我的確遇過火車上的檢查，所以有點怕怕)

不知道根據各位的經驗，我現在的狀況究竟會不會有問題呢? 先感謝指教

--