有關於簽証的問題 - 日本

各位好，我最近因為公司政策的關係，
需要外派到日本，有一些問題想請教各位

A公司: 日本當地的公司
B公司: 在台灣的公司
C公司: 在日本，由A公司和B公司共同出資合開的子公司
目前由A公司主導

我隸屬於B公司，
從去年七月開始，因為要推展業務的關係，
A公司要求B公司派人到C公司提供技術支援，我就是那個人
原先預計只有三個月，所以是用短期滯留的免簽進來的
但是計畫一直延宕，到現在我己經進來日本第三次了
這中間都是在日本待滿三個月，然後回台休假一週再過來
但是這一次進來的時候，入管局的人警告我，
短期滯留的簽証一年內最多只能在日本待半年，
我這樣密集的跑會有問題，要我這次回去後下次最好是半年後再來

但是從三月底開始，C公司將由B公司接管，
B公司希望接管初期能有熟悉狀況的人留在C公司，
所以要把我調派到C公司讓我在日本多留兩年
不過因為在台灣我有一些私人的問題要處理，
所以最後和公司討論的結果是，
三月到六月我先留在日本，然後讓我回台半年，明年二月再過來日本兩年

想請教的問題是，
1.因為己經無法使用短期滯留了，加上有薪資問題，三月底勢必要用工作簽証進來，
現在請公司幫我申請在留資格來得及嗎?
工作簽証是否一定要等在留資格下來後才能領?

2.若申請在留資格，回台半年的期間是否資格會被取消
(因為三個月沒有在日本從事相關工作)?

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