請問短期申根簽證 - 德國

不好意思請問各位比較熟悉法國短期申根簽證的一些問題

小弟的爸爸之前從06年後一直都在大陸工作，
其中一年會回來個三四趟，
上個月剛辭掉工作退休，上個禮拜才剛回到台灣
由於小弟6/14(即下禮拜)有一個在里昂開的會議要去法國一趟
所以爸媽臨時決定要跟小弟一起去，享受數年來難得的全家同遊

可是今天一大早爸媽去法國在台協會簽證處辦理短期旅遊申根簽證時
簽證人員卻以爸爸
"本年度在台灣的居留天數未超過九十天"
的理由拒絕收件，
而且獲得：「即使收件也絕對不可能獲得授以簽證。」的答覆

我再次去查了一下google到的法國簽證注意事項
還有爬了一些板上的文章
都沒有發現類似的問題...

如果真的有這條規定，
那麼豈不是
"所有長期在大陸工作的台商都沒有資格在台灣獲得法國簽證"?
請問有哪位大大碰過類似的問題嗎
又，有沒有任何解決的辦法呢？
(畢竟機票也訂了，房間也訂了......)

爸媽原本預計15號才會飛過去，
不知道在這中間的期間有什麼是我們可以做的?
又，因為原本我們中間的轉機點是德國法蘭克福，
所以要是我們申請德國簽證然後轉機的時候先入境一下再出境前往里昂
這樣做會比較好嗎?
(抱歉如果這個方法太笨太沒品請先別指責，實在沒招了Orz...)

麻煩有經驗的大大們告知您們的經驗讓小弟這一趟全家福行程能順利成行吧QQ

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